Yu-Gi-Oh! GX, orjinal Yu-Gi-Oh! tan 10 yıl sonrasını anlatmaktadır. Yu-Gi-Oh!'taki Törensel Savaş'tan 10 yıl sonra, genç bir çocuk olan Yuuki Judai (Jaden Yuki) Japonya'nın adalarından birinde olan Duellocular Akademisi'ne katılmak için yola çıkar. Orda diğer öğrencilerle tanışır,birçok arkadaş edinir ve birçokta düşman. Judai en düşük sınıf derecesi olan Osiris Kırmızı (Slyfer Kırmızı)'ya konmuştur.Fakat o yeteneklerini diğer öğrencilere karşı test etmeye,bir Duellocular Akademisi öğrensici oalrak değerini kanıtlamaya ve çevresindeki herkesin saygısını kazanmaya devam etmektedir.